ความรุนแรงชายแดนใต้ที่ปะทุขึ้นใหม่ในปี 2547 สร้างการแบ่งแยกร้าวลึกครั้งใหญ่ระหว่างพุทธ-มุสลิม เมื่อมีพระภิกษุสงฆ์ตกเป็นเป้าสังหาร ส่งผลให้สายใยโอบอุ้มเกลียวสัมพันธ์ระหว่างสองวัฒนธรรมหลักในชายแดนใต้คือ มลายูมุสลิมและไทยพุทธคลายเกลียวความสัมพันธ์ที่เคยแนบแน่น กลายเป็นเปราะบาง สุ่มเสี่ยงจะแยกขาดจากกัน

พัทธ์ธีรา นาคอุไรรัตน์ เริ่มทำงานถักทอความสัมพันธ์ระหว่างศาสนาร่วมกับผู้นำพุทธ มุสลิม และคริสต์ในพื้นที่ชายแดนใต้ตั้งแต่ปี 2554  โดยกล่าวได้ว่า โครงการเพื่อนรักต่างศาสนาฯ นี้ เป็นผลลัพธ์การปูทางจากคนที่ทำงานในพื้นที่มาก่อนหน้า ได้แก่ ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร.ปาริชาด สุวรรณบุปผา นักวิชาการผู้มีชื่อเสียงในด้านการสานสัมพันธ์ระหว่างศาสนา ผู้ที่เป็นแรงบันดาลใจให้พัทธ์ธีราตัดสินใจที่จะมาขอใช้ทุนหลังเรียนจบปริญญาเอกที่สถาบันสิทธิมนุษยชนและสันติศึกษา มหาวิทยาลัยมหิดล นับแต่สำเร็จการศึกษา ในปี 2556 และได้ร่วมกับอาจารย์ปาริชาด ก่อตั้งกลุ่มถักทอสันติภาพ (กทส.) และร่วมก่อตั้งกลุ่ม “ศาสนิกสตรีเพื่อสันติภาพ (Women of Faith for Peace)” ในปลายปี 2557 และขับเคลื่อนงานด้านศาสนสัมพันธ์อย่างเป็นรูปธรรมภายใต้ชื่อแผนงาน “สานเสวนาพระสังฆาธิการ-ผู้นำศาสนาอิสลาม” ก่อนที่ท่านอาจารย์จะจากไปชั่วนิรันดร์

ผศ.ดร.ปาริชาด สุวรรณบุปผา (ขวาสุด) ระหว่างนำกิจกรรมสร้างสายสัมพันธ์ระหว่างคนต่างศาสนาในชายแดนใต้

นอกจากนี้ โครงการเพื่อนรักต่างศาสนายังถือได้ว่าเป็นความสืบเนื่องจากความมุ่งมั่นตั้งใจของท่านพระครูประโชติรัตนานุรักษ์ (เจ้าอาวาสวัดรัตนานุภาพ นราธิวาส) พระอาจารย์ผู้ที่เป็นทั้งต้นแบบและเพื่อนร่วมงานแข็งขัน ผู้เป็นที่เคารพรักจากทั้งคนพุทธและมุสลิม และน่าเศร้าที่ท่านต้องจากไปในต้นปี 2562 ก่อนวัยอันควรด้วยเหตุการณ์ที่ไม่ควรจะเกิดแก่ท่าน 

อีกท่านหนึ่ง คือ ท่านอิหม่ามยะโกบ หร่ายมณี (อิหม่ามมัสยิดกลางจังหวัดปัตตานี) ผู้ซึ่งมุ่งมั่นตั้งใจทำงานร่วมกับคนพุทธในพื้นที่ แม้จะเป็นที่ไม่พอใจของคนมุสลิมหลายกลุ่มก็ตาม  พัทธ์ธีราก็เคยได้ช่วยกันทำงานศาสนสัมพันธ์กันมากับท่านตั้งแต่ปี 2553 ก่อนที่ท่านจะถูกลอบสังหารในปี 2556